腸鏡是無法檢查出幽門螺桿菌的，想要檢查幽門螺桿菌，通常有三種檢測方法，包括幽門螺桿菌快速尿素酶試驗、呼氣采樣檢測、胃鏡及胃黏膜活檢。
1、幽門螺桿菌快速尿素酶試驗。該試驗的原理是幽門螺桿菌中含有尿素酶，這種尿素酶會使尿素分解，胃鏡檢查后取胃黏膜組織1塊，將活檢組織放入試劑，觀察試劑的變化，若試劑酚紅由黃色變?yōu)榧t色，說明pH升高，試驗結果為陽性，提示活檢組織存在幽門螺桿菌感染。
2、呼氣采樣檢測。這種檢查的靈敏度高，檢出率和符合率也很高，是近年來受歡迎的一種檢測幽門螺桿菌的方法。具體可分為兩種：14C呼氣試驗和13C呼氣試驗，其中14C呼氣試驗費用較低，但由于該項檢查存在放射線危害，兒童、孕婦、哺乳婦女和年邁體弱者應慎用。13C呼氣試驗則無放射性，對人體無損害，而且檢出率和符合率更高，各種年齡的患者都可采用該法。
3、胃鏡以及胃粘膜活檢。這種檢查方法是一種侵入性的方式，臨床不常用，并且它的病理切片精確度高，而化學反應的精確度比較低，小病灶的區(qū)域容易漏檢。