胃腸道間質瘤的治療方法主要有兩種：手術治療和靶向治療。 手術治療包括傳統(tǒng)開放手術、腹腔鏡手術、腹腔鏡結合內鏡的手術、以及達芬奇機器人的手術，對于一些基層單位和腹腔鏡和機器人手術，經(jīng)費缺乏的單位要盡量少開展，胃腸間質瘤手術，因為一旦術中胃腸間質瘤破裂，即視為高度惡性腫瘤，需要終身治療。 靶向治療分為三個方面，伊馬替尼一線治療，舒尼替尼二線治療，瑞格非尼三線治療，如果一線治療失敗，啟用二線治療舒尼替尼，二線治療失敗，啟用三線治療瑞格非尼，對于＜2cm的胃腸道間質瘤，手術以后如果病理檢查提示四核分裂象小于五個每一百個視野，可視為良性腫瘤，以后每年隨訪就可以，沒有必要進行靶向治療。

胃腸道間質瘤容易與以下疾病相混淆： 1、胃癌，胃癌是來源于胃上皮的一種惡性腫瘤，胃癌的愈后遠不如胃腸道間質瘤，它來源于胃的黏膜，而胃腸道間質瘤來源于胃的間葉組織，胃癌的臨床表現(xiàn)是比較特殊，首先會表現(xiàn)上腹痛，有的病人表現(xiàn)為饑餓痛，還有病人表現(xiàn)為出血的癥狀； 2、結直腸癌有時會表現(xiàn)腹部的包塊、便血、里急后重感、貧血、消瘦、體重減輕，也需要和結直腸的胃腸道間質瘤相鑒別； 3、還有一種病叫胃腸道平滑肌瘤，現(xiàn)在診斷比較少，但文獻還是有報道，它和胃腸道間質瘤還是有不同，在病理科可以區(qū)分胃腸道的平滑肌肉瘤，是一種比較少見的腫瘤，它和腸道間質瘤的表現(xiàn)主要也在分子病理方面不同。

胃腸道間質瘤會引起以下并發(fā)癥： 1、胃腸間質瘤因其大小以及生長部位的不同導致的并發(fā)癥也有所不同，比如在胃賁門部的胃腸間質瘤可能會出現(xiàn)吞咽困難、吞咽不適的感覺； 2、如果出現(xiàn)了腹部包塊、腹部疼痛、排便困難、沒有排氣，有可能是胃腸間質瘤比較晚或小腸的胃腸間質瘤導致的腸梗阻的癥狀； 3、還有部分患者因為胃腸間質瘤長大而出血壞死、穿孔，而引起胃腸道急性穿孔的臨床表現(xiàn)，會出現(xiàn)彌漫性的腹膜液，這類患者要及時就診，積極的處置，出血是胃腸間質瘤最常見的并發(fā)癥，有些患者會出現(xiàn)非常重度的貧血； 4、還有部分胃腸間質瘤會出現(xiàn)肝轉移，會逐漸右上腹不適，甚至肝功能減退，黃疸的癥狀，如果患者出現(xiàn)不明原因的貧血和腹痛，用普通疾病無法解釋的時候，要及時的就診，找專業(yè)的胃腸間質瘤外科大夫進行檢查，以免延誤病情。

胃腸間質瘤可以長在消化道的任何部位，其中胃的胃腸間質瘤大概占到50%-60%，十二指腸的胃腸間質瘤占20%-30%，結腸的胃腸間質瘤占2%-3%，直腸的胃腸間質瘤比較罕見。 還有一種比較特殊的胃腸間質瘤長在胃腸道以外，叫非胃腸道胃腸間質瘤，它比例小于2%，非胃腸道的胃腸間質瘤，早在與小腸、結腸、胃及其系膜沒有關系，它是長在胃腸道以外，是一種比較罕見的胃腸道間質瘤，但是它的形態(tài)和免疫組化的表現(xiàn)和胃腸道非常相似，所以稱為非胃腸道胃腸間質瘤，它是非常罕見的一種腫瘤，但它也叫胃腸間質瘤，主要來源于腸系膜、腹膜以及腹膜后組織，也有報道來源于前列腺、陰道等腹腔內臟器官。

胃腸道間質瘤是來源于胃腸道間葉組織的實體腫瘤，是胃腸道最常見的間葉性腫瘤。胃腸道間質瘤可以追溯到1983年，美國的病理學家研究了28例萎縮性細胞腫瘤，首次提出了胃腸道間質瘤概念，1998年日本學者研究發(fā)現(xiàn)此類腫瘤可能來源于cajal細胞的c-kit基因的功能性突變，以及代表的CD117的表達，是這類腫瘤的特征，2003年美國學者研究了CD117陰性的患者，也就是c-kit的基因表達陰性的患者，發(fā)現(xiàn)了PDGFR的表達，至此，開始了胃腸道間質瘤標準化診療時代的開始，胃腸道間質瘤及技術可以分為胃的胃腸道間質瘤，小腸的胃腸道間質瘤，結腸的胃腸道間質瘤，直腸的胃腸道間質瘤，以及非胃腸道的胃腸道間質瘤。